Treći deo priče se nastavlja tačno tamo gde je drugi završen. Neo (Kijanu Rivs) i Bejn (Ian Blis) su u nesvesti, ali kod Nea se uočavaju neurološki znaci kao da je u Matriksu.

Morfeus (Lorens Fišburn) odlučuje da ga potraži u Matriksu, dok se ljudi u Zionu spremaju za odbranu od horde lignji koje će ih uskoro napasti.

Neo se nalazi u zoni koja se nalazi između Matriksa i sveta mašina i da bi odatle izašao mora da dobije dozvolu Skretničara, koji radi za Merovinga. Triniti (Keri-En Mos) i Morfeus odlučuju da se sukobe sa Merovingom kako bi oslobodoli Nea.

Agent Smit (Hjugo Viving) se i dalje širi po Matriksu i postaje sve moćniji, a odlučuje da i proročicu pretvori u sebe i tako stekne njene moći predviđanja budućnosti. Pored svega toga, Agent Smit u stvari kontroliše Bejna i u borbi sa Neom u stvarnom svetu uspeva da ga oslepi. Ali Neo i pored toga ima moć da vidi Agenta Smita, kao i sve mašine.

Dok se u Zionu vodi bespoštedna borba na život i smrt, Neo i Triniti se upućuju u Grad mašina kako bi zaustavili rat i sprečili izumiranje ljudi.

I mašine i Neo shvataju da im najveća opasnost preti od Agenta Smita koji je sada već zauzeo ceo Matriks i odlučuju da se udruže u borbi protiv njega.

Sledi velika borba nikada moćnijeg Agenta Smita i Nea koja će odrediti dalju sudbinu mašina i ljudi.

Režija: Endi Vačovski, Lana Vačovski

Uloge: Kijanu Rivs, Lorens Fišburn, Keri-En Mos, Monika Beluči, Ian Blis